La temporada 2000-01, en la que el club salió a la luz en LEB-2, resultó bastante regular en el aspecto deportivo, ya que el equipo peleó en la parte baja de la tabla durante toda la temporada culminando la liga regular en décimo tercera posición, con diez partidos ganados y veinte perdidos. Los entrenados por aquel entonces por Pedro Zorrozua, tras ser Txutxo Sanz el primer entrenador en la historia del equipo, tuvieron que disputar un play off por la permanencia que era vital para el devenir y el futuro más inmediato del club rojillo. El objetivo fue evitar el descenso a la Liga EBA y, aquella eliminatoria contra el Baloncesto Alcalá, se acabó solventando por la vía rápida con un 3-0 esclarecedor:
 
-18-04-2001: Bilbao Berri-Baloncesto Alcalá: 78-69
-20-04-2001: Bilbao Berri-Baloncesto Alcalá: 85-76
-25-04-2001: Baloncesto Alcalá-Bilbao Berri: 89-93
 

Se había salvado la primera traba y, a partir de ahí, todo sería crecer para el Bilbao Basket tras aquella toma de contacto con la competición. En aquella primera temporada de la historia del club, vistieron la camiseta rojilla Iñigo Varona, Xabier Madina, Josu González, Sergio Rodríguez, Iñigo Goñi, Javier Etxarte, David Fernández, Patrick Saenz de Ugarte, Tzortze Antoniadis, Damian Grant, Félix Herráiz, Ronnie Davis, Harry Reaves, Morris Grooms y Romám Gayet.